20種蛋白質(zhì)氨基酸在結(jié)構(gòu)上的差別取決于側(cè)鏈基團R的不同。通常根據(jù)R基團的化學(xué)結(jié)構(gòu)或性質(zhì)將20種氨基酸進行分類
根據(jù)側(cè)鏈基團的極性
　　1、非極性氨基酸（疏水氨基酸）8種 　　
丙氨酸（Ala）纈氨酸（Val）亮氨酸（Leu）異亮氨酸（Ile）脯氨酸（Pro）苯丙氨酸（Phe） 　　色氨酸（Trp）蛋氨酸（Met） 　　
2、極性氨基酸（親水氨基酸）： 　　
1）極性不帶電荷：7種 　　甘氨酸（Gly）絲氨酸（Ser）蘇氨酸（Thr）半胱氨酸（Cys） 　　酪氨酸（Tyr）天冬酰胺（Asn）谷氨酰胺（Gln） 　　
2）極性帶正電荷的氨基酸（堿性氨基酸） 3種 賴氨酸（Lys）精氨酸（Arg）組氨酸（His）
3）極性帶負電荷的氨基酸（酸性氨基酸） 2種 天冬氨酸（Asp）谷氨酸（Glu）
根據(jù)氨基酸分子的化學(xué)結(jié)構(gòu)
　　1、 脂肪族氨基酸： 　　
丙、纈、亮、異亮、蛋、天冬、谷、賴、精、甘、絲、蘇、半胱、天冬酰胺、谷氨酰胺
2、 芳香族氨基酸：苯丙氨酸、酪氨酸 　　
3、 雜環(huán)族氨基酸：組氨酸、色氨酸 　　
4、 雜環(huán)亞氨基酸：脯氨酸