問題1：如何來判定哪些蛋白是和自己研究相關的蛋白，挑選什么樣的蛋白來進行后期的驗證實驗？
答：需要研究人員根據自己研究的相關生物學背景，再結合生物信息學分析的結果，以及查看相關的文獻資料來確認哪些蛋白可以用于后續(xù)深入的研究。
問題2：樣品寄送過程，哪些需要低溫？哪些需要干冰？哪些常溫就可以？
答：細胞、組織、蛋白溶液、菌體等樣品采用干冰運輸，對于SDS-PAGE條帶和2D點以及酶解好的肽段樣品直接常溫運輸即可。可以理解為需要提取蛋白或提取好的蛋白樣品（易降解）都需要低溫運輸，而處于凝膠中的蛋白或者是酶解好的肽段可常溫運輸。
問題3：哪些樣品需要去除高豐度蛋白？怎么去除？是否需要費用？ 
答： ①一般情況下，血清、血漿樣品中都會存在高豐度蛋白（白蛋白等免疫蛋白），如果客戶是此類樣品，需提前跟客戶溝通好，一定需要去除高豐度蛋白；目前有成熟的試劑盒可以去除血清中的高豐度蛋白。
②體液樣品，細胞培養(yǎng)液等樣品，出現高豐度蛋白的情況也比較高，這類樣品，如果出現高豐度蛋白，需要先通過質譜鑒定是否是常見免疫蛋白，然后再采用高豐度蛋白去除試劑盒進行去除。
③其他樣品存在高豐度的情況不常見，如在實驗過程中發(fā)現高豐度蛋白，解決方案如上。其他樣品可能會出現鑒定出來的高豐度蛋白沒有合適的試劑盒可以去除，這時候需要跟客戶提前告知風險。
④去除高豐度蛋白的費用詳見鹿明生物蛋白組報價（老客戶可以直接咨詢我們的銷售人員）。
問題4：蛋白質組結果一般需要做哪些方面的生物信息學分析？
答：目前一般文獻中的分析主要為維恩圖分析、熱圖分析、火山圖分析、層次聚類分析、蛋白質功能分析（GO分類為主）、蛋白質所屬代謝通路富集分析（基于KEGG的pathway）、差異蛋白互作網絡構建、轉錄因子預測等方面。其它一些比較特異的分析包括多組數據關聯分析、多pathway延伸分析、磷酸蛋白激酶預測分析、互作網絡及生物調控模型構建分析。
問題5：小鼠腦脊液做lable free是否需要去除高豐度蛋白，有沒有案例或者介紹下蛋白組這塊哪些樣本需要去高豐度蛋白的;
答：需要根據樣本提取蛋白后SDS-PAGE結果評估。一般血清血漿都需要除去高豐度蛋白，試劑盒成熟。其余需要根據跑膠結果來判斷。
問題6：物種沒有測序，能否做蛋白質組呢？
答：因為當前大量的物種已經測序，預測了相應的基因，未測序的物種可以通過近緣物種的基因序列作為數據庫進行蛋白質組的研究。因此，一般來說，未測序物種可以考慮近緣物種的基因組序列作為數據庫，可以做蛋白質組。

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